Subdivididas por grupos zoológicos, se destacan por su representatividad las colecciones de arácnidos, de peces, de moluscos, de anfibios, de aves, de mamíferos, de reptiles, etc.

Lo que parcialmente muestra los principales intereses de los investigadores que trabajan o trabajaron en el Museo.

Material representativo de estas colecciones se exibía en la sección Zoología de la antigua exposición del Museo Nacional de Historia Natural.