A partir de Diciembre de 2005 la "Publicación Extra" del Museo se publica en dos soportes: impreso y en línea. Se incluyen trabajos de todas las áreas de las Ciencias Naturales e Historia de la Ciencia.

• 1. Ostenia. Colección de trabajos botánicos dedicados a Don Cornelio Osten. (1933). Montevideo. Pp. 1-362    parte 1   parte 2 
• 2. Mazzoni, F. (1937). Sobre hallazgos de supuestas piezas indígenas en los paraderos de José Ignacio y Puntas del Chileno (Departamento de Maldonado). Pp. 1-11.
• 3. Devincenzi, G. J. & R. Vaz-Ferreira. (1939). Nota preliminar sobre un pygídido hemátofago del río Uruguay. Pp. 1-16.
• 4. Biezanko, C. M. de, A. Ruffinelli & C. S. Carbonell. (1957). Lepidoptera del Uruguay. Pp. 1-152.
• 5. Bausero, L. (1963). Los vasos antiguos del Museo Nacional de Historia Natural de Montevideo. Pp. 1-18. Montevideo.
• 6. Lombardo, A. (1964). Flora Arbórea y arborescente del Uruguay. Pp. 1-151. Montevideo.
• 7. Legrand, D. (1968). Las Mirtáceas del Uruguay, III. Pp. 1-80.
• 8. Lombardo, A. (1970). Las plantas acuáticas y las plantas florales. Pp. 1-293.    parte 1    parte 2 
• 9. Ruffinelli, A. (1961). Métodos de trabajo utilizados en la Sección Insecticidas del Instituto Biológico de São Paulo, (Brasil) para el ensayo de insecticidas. Pp. 1-23.
• 10. Biezanko, C. M. & A. Ruffinelli. (1971). Fauna de Lepidoptera del Uruguay. X. Agaristidae, Noctuidae et Thyatiridae. Pp. 1-30.
• 11. Ruffinelli, A. (1970). Contribución al conocimiento de los homópteros auquenorrincos del Uruguay. Pp. 1-26.
• 12. Trabajos del V Congreso Latino-Americano de Zoología. (Montevideo, 18-23 de octubre de 1971), 1 (único). 1973. Pp. 1-288.    parte 1    parte 2    parte 3    parte 4
• 13. Langguth, A. et al. (1976). Lista de las especies de vertebrados del Uruguay. Pp. ii + 1-53.
• 14. García-Zorrón, N. (1967). Mixomicetos del Uruguay. Pp. 1-54.    
• 15. Boroukhovitch, M. & L. E. Mesa. (1972). Primera lista de insecticidas, acaricidas, nematicidas, molusquicidas, raticidas y sustancias auxiliares de empleo en Sanidad Vegetal registrados en el Uruguay. Pp. 1-131.     parte 1    parte 2    parte 3    parte 4
• 16. Calcaterra, A. (1977). El Género Lestodon (Edentata-Milodontidae). Estudio preliminar. Comunicaciones Paleontológicas del Museo Municipal Real de San Carlos, 1(1):1-31. Colonia.    
• 17. Calcaterra, A. (1978). Dos nuevas especies de gliptodontes del Plioceno de Uruguay (Mammalia - Edentata). Comunicaciones Paleontológicas del Museo Municipal Real de San Carlos, 1(2):1-8. Colonia.
• 18. Acosta y Lara, E. F. (1977). Los guaraníes en el antiguo territorio de la República Oriental del Uruguay. Pp. 1-19. Montevideo.
• 19. Rosengurt, B., B. A. de Maffei & P. I. de Artucio. (1970). Gramíneas uruguayas. Ciencias, 5:vii + 1-490. Montevideo    parte 1    parte 2     parte 3
• 20. Primer Congreso Nacional de Arqueología y Segundo Encuentro de Arqueología del Interior. Antecedentes y Anales de los Congresos. (20-23 Diciembre de 1972). Fray Bentos, 1973.
• 21. Segundo Congreso Nacional de Arqueología y Tercer Encuentro de Arqueología del Litoral. Antecedentes y Anales de los Congresos. (20-23 Diciembre de 1973). Fray Bentos, 1975.
• 22. Mones, A. (1979). Los dientes de los vertebrados. Una introducción a su estudio. Pp. 1-97.
• 23. Cordero, E. H. (1919). Cystodiscus immersus Lutz. Mixosporidio de los batracios del Uruguay. Pp. 403-409.
• 24. Cordero, E. H. (1919). "Opalina antilliensis" Metcalf. Ciliado parásito de los batracios del Uruguay. Pp. 1-7.
• 25. Osten, C. (1932). Una Gunnera en el Uruguay. Gunnera Herteri Osten n. sp. Pp. 33-39.
• 26. Cordero, E. H. (1930). La presencia en el Uruguay de dos especies de dípteros vulnerantes del género Phlebotomus. Pp. 1-11.
• 27. Cordero, E. H. (1951). Sobre algunos oligoquetos limícolas de Sud América. Pp. 231-240.
• 28. Archivos de la Sociedad de Biología de Montevideo, 25. (1964). Pp. 1-156.
• 29. Coll, J. (1979). Catálogo de algas citadas para el Uruguay. Montevideo. Pp. 1-133
• 30. I Jornadas de Ciencias Naturales. Resúmenes. (Montevideo, 29.9.- 4.10.1980).
• 31. II Jornadas de Ciencias Naturales. Resúmenes, Comunicaciones. (Montevideo, 21-26.9.1981).
• 32. Acosta y Lara, E. F. (1981). Un linaje charrúa en Tacuarembó (a 150 años de Salsipuedes). Montevideo. Pp. 13-30.
• 33. Mones, A. (1981). Bibliografía sobre geología y paleontología del Uruguay. Montevideo. Pp. 95-162.
• 34. Meneghin, U. (1977). Nuevas investigaciones en los yacimientos del "Cerro de los Burros". Montevideo. Pp. 1-26.
• 35. Kraglieviana, Revista de la Asociación Kraglieviana del Uruguay, 1(1):1-44. Montevideo. 1965.
• 36. Kraglieviana, Revista de la Asociación Kraglieviana del Uruguay, 1(2):45-85. Montevideo. 1965.
• 37. Francis, J. C. (1965). Los géneros de la subfamilia Mesotheriinae (Typotheria, Notoungulata) de la República Argentina. Boletín del Laboratorio de Paleontología Vertebrados, 1:1-32. Montevideo.
• 38. Cuello, J. (1985). Lista de referencia y bibliografía de las aves uruguayas. Montevideo. Pp. 1-116.
• 39. Klappenbach, M. A. & M. E. Philippi. (1986). Garibaldi J. Devincenzi. Breve nota biográfica y lista de sus publicaciones. Pp. 1-6.
• 40. Klappenbach, M. A. & M. E. Philippi. (1987). Diego Legrand. Breve nota biográfica, lista de sus publicaciones y de nombres introducidos en la nomenlcatura botánica. Pp. 1-17.
• 41. Zolessi, L. C. de, Y. P. de Abenante & M. E. Philippi.  (1989). Catálogo sistemático de las especies de formícidos del Uruguay (Hymenoptera: Formicidae). Pp. [8] + 1-40 + i-ix. Montevideo.             Parte 1    Parte 2
• 42. González, J. C. (1989). Guía para la identificación de los murciélagos del Uruguay. Montevideo. Pp. 1-50.
• 43. Aznárez, J. (1989). Historia de la minería geología y paleontología en el Uruguay. Buenos Aires. Pp. 1-143.
• 44. Mones, A. (1996). La historia natural de la Expedición Malaspina en el contexto científico de la época. Fauna y flora del Uruguay. Montevideo. Pp. 1-26.
• 45. González, E. M., A. M. Saralegui & D. Arrieta. (1998). Anfibios y reptiles de "Paso Baltasar", Departamento de Tacuarembó, Uruguay (Amphibia, Reptilia). Relevamientos de Biodiversidad, 1:1-6.
• 46. González, E. M. & G. Fregueiro. (1999). Mamíferos no voladores de Laguna del Cisne, Departamento de Canelones, Uruguay (Mammalia). Relevamientos de Biodiversidad, 2:1-7.
• 47. Gambarotta, J. C., A. Saralegui & E. M. González. (1999). Vertebrados tetrápodos del Refugio de Fauna Laguna de Castillos, Departamento de Rocha. Relevamientos de Biodiversidad, 3:1-31.
• 48. Langone, J. A. (1999). Anfibios de Aguas Corrientes, Departamento de Canelones, Uruguay (Amphibia). Relevamientos de Biodiversidad, 4:1-6.
• 49. Blixen, F. (1999). El principio histórico en geografía. Pp. 1-6.
• 50. Langone, J. A. & M. Meneghel (eds.). (1999). V° Congreso Latinoamericano de Herpetología y XIV Reunión de Comunicaciones de la Asociación Herpetológica Argentina (Montevideo, 12-17.12.1999). Programa y resúmenes.
• 51. Mones, A. (2001). Miguel Angel Klappenbach, 1920-2000. Ensayo bio-bibliográfico. Pp. 1-16.
• 52. González, E. M. & J. C. Gambarotta. (2001). Anfibios de Aguas Dulces, Departamento de Rocha, Uruguay (Amphibia: Anura). Relevamientos de Biodiversidad, 5:1-7.
• 53. †Klappenbach, M. A. (2004). Larrañaga y el viejo Museo. Presentación, edición, bibliografía y notas por A. Mones. Pp. 1-32.
• 54. Meneghin, U. (2004). Artefactos líticos excepcionales del Uruguay. Orígenes (Publicación periódica de la Fundación Arqueología Uruguaya), 1:1-17. Montevideo.
• 55. Meneghin, U. (2004). Urupez, primer registro radiocarbónico (C- 14) para un yacimiento con puntas líticas pisciformes del uruguay. Orígenes (Publicación periódica de la Fundación Arqueología Uruguaya), 2:1-31. Montevideo.

Nueva serie

• 1. Langone, J. (2005) Notas sobre el mejillón dorado Limnoperna fortunei (Dunker, 1857) (Bivalvia, Mytilidae) en Uruguay. Pp. 1-18.
• 2. Langone J., E. Lavilla, D. Echeverría, S. Mangione, & M. Segalla. (2007) Morfología externa e interna de la larva de Chiasmocleis leucosticta (Boulenger, 1888) (Amphibia, Anura, Microhylidae). Pp. 1-25.
• 3. Langone, J. (2007) Bibliografía asociada a especímenes depositados en las colecciones herpetológicas uruguayas. Amphibia. Pp. 1-23.
• 4. Mones, A. (2011) Apuntes para una Historia del Museo Nacional de Historia Natural, Uruguay. Pp. 1-30.
• 5. Praderi R., Juri E., Riverón S., Valdivia M., D’Imperio J., Saavedra J., López F., Sitya V., González E. M. & Le Bas A. (2012) Catalog of recent cetacea in the Museo Nacional de Historia Natural (MNHN), Uruguay. Pp. 1-56.
• 6. Langone, J. (2017) ¿Qué sabemos de las potenciales amenazas a la biodiversidad en la cuenca del río Santa Lucía?. Una revisión sobre los anfibios. Amphibia. Pp. 1-153.
• 7. Prigioni, C.M., Villalba, J.S., González,J.C., Sappa, A. y Pla. A. (2018) El registro más autral de puma (Puma concolor), (Mammalia, Felidae) en el Uruguay. Pp. 1 - 10.
• 8. Mones, A. (2021) Pasando lista a través del tiempo: funcionarios, colaboradores y amigos del Museo Nacional de Historia Natural de Montevideo (1837-2020). Pp. 1-168.
• 8a. Mones, A. (2021) Pasando lista a través del tiempo: funcionarios, colaboradores y amigos del Museo Nacional de Historia Natural de Montevideo (1837-2020). Pp. 1-174.
• 8b. Mones, A. (2023) Pasando lista a través del tiempo: funcionarios, colaboradores y amigos del Museo Nacional de Historia Natural de Montevideo (1837-2020). Pp. 1-180.
• 9. Jones, W. (2022) Revisión de la obra de Juan Pablo Cuello: una reseña de 55 años de Ornitología en Uruguay. Pp. 1-46.
• 10. González, J. & C. Erchini. (2024) Contribuciones museológicas sobre la exposición itinerante "Darwin estuvo aquí, 190 años de su viaje en Uruguay. Pp. 1-19.
• 11. Ferrari Luaces A., Jones W., Rodríguez E., Apud Márquez F. & A. Benvenuto. (2024) Representaciones zoomorfas en una cerámica campaniforme emblemática de la arqueología uruguaya. Pp. 1-39.